O Brasil, em colonização pelos portugueses, saía do Ciclo do Pau Brasil e ingressava no do Açúcar. Desenvolvia-se em terras litorâneas a construção de engenhos e fazia-se presente atividade febril nos meses de moagem da cana e fabrico de açúcar.

As terras de Jacarepaguá eram consideradas extremamente férteis e a região onde seria construída a Igreja do Loreto era denominada Planície dos Onze Engenhos. Tais terras abrangendo extensa área; englobavam a Praça Sêca, Pechincha, Tanque e a citada Planície, e faziam, primitivamente, parte da Freguesia (Paróquia) de Nossa Senhora da Apresentação de Irajá. A concentração populacional era crescente na área, fruto da instalação de engenhos nas fazendas, da plantação de canaviais e do fabrico de açúcar. A Matriz de Irajá, demasiadamente distante da extensa baixada de Jacarepaguá, implicava em grandes dificuldades para a administração dos Santos Sacramentos, razão porque tornou-se necessária a criação de nova Paróquia. Assim, em 1661, foi criada a Freguesia de Nossa Senhora do Loreto e Santo Antônio de Jacarepaguá e em 1664, foi construída a nova Matriz. Tempos depois, o antigo templo acabou em ruínas e através da mobilização dos moradores da região, foi erguida uma nova Igreja, em pedra e cal, estilo barroco, que subsiste até hoje e com grande semelhança com a Igreja de Nossa Senhora da Apresentação de Irajá.

No século XIX e princípios do século XX, passou por reformas, originando-se então, a construção dos altares laterais e a colocação do piso de azulejos hidráulicos. O altar-mor da Matriz de Jacarepaguá, em estilo colonial, contrasta com as características gerais externas do prédio.

A Igreja Matriz de Nossa Senhora de Loreto destaca-se não só por sua beleza arquitetônica como também por ter sido um marco na ocupação desta região que deu origem ao bairro, hoje chamado simplesmente Freguesia.

A origem do nome de Loreto está numa pequena cidade da Itália.

Nossa Senhora é venerada em Loreto há mais de setecentos anos. Este santuário é certamente dos mais antigos e tradicionais da Igreja. A Casa Santa de Maria, alvo de devoção em Loreto, é testemunho para nós da vida familiar de Maria, José e Jesus e da vida pessoal de Maria diante de Deus. Esta casa é testemunho do convite de Deus “conceberás e darás `a luz”; da resposta de Maria “Sim, faça-se em mim segundo a vossa palavra” e da Encarnação do Filho de Deus.

A vocação dos Santuários, isto é, de colocar as pessoas em contato com o sagrado, se faz presente também no nosso Santuário e nos convida a meditar o mistério da Anunciação seguindo a reflexão do Papa na carta sobre as mensagens de Loreto “A narração da Anunciação, tendo no ápice a grande palavra “cheia de graça” (Kecharitoméne), proclama a verdade fundamental de que no início de tudo, nas relações entre Deus e a criatura, há o dom gratuito, a livre e soberana escolha de Deus, tudo aquilo que na linguagem da Bíblia está contido no termo “graça” . A Casa Santa de Loreto, onde ainda ressoa, por assim dizer, a saudação “ Ave, cheia de graça “, é portanto um lugar privilegiado, não só para meditar sobre a graça, mas também para receber, incrementar e reencontrar, se perdida, mediante os sacramentos. Sobretudo o sacramento da reconciliação, que teve sempre um lugar tão relevante na vida desse Santuário.

Em 1970 a Igreja recebeu o título de Santuário Nacional de Nossa Senhora de Loreto.